Secara kelembagaan, Prodi Magister Ekonomi tata kelolanya berada di bawah Departemen Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan, Fakultas Ekonomika dan Bisnis, sebagai berikut :
Dalam menjalankan Tugas dan Fungsinya, Prodi Magister Ekonomi dikelola oleh seorang Ketua Program Studi, dibantu oleh beberapa staf, dengan susunan personalia sebagai berikut:
Ketua Program Studi
- Wahyu Widodo, S.E., M.Si., Ph.D.
Tenaga Administrasi
- Indri Artanti, SAP., MIKom