Program Studi (Prodi) Magister Ekonomi adalah salah satu Program Strata-2 (Pasca Sarjana) di lingkungan Universitas Diponegoro. Didirikan pada tahun 2000 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan No. 63/DIKTI/Kep/2000 tanggal 15 Maret 2000 dengan gelar akademik Magister Sains (M.Si) dalam bidang Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan. Program studi ini telah beberapa kali mengalami penyesuaian nama, sesuai dengan perubahan nomenklatur di lingkungan Universitas Diponegoro. Berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Diponegoro No. 420/UN7.P/HK/2019 tentang Penetapan Departemen, Program Studi dan Bagian pada Fakultas atau Sekolah di Lingkungan Universitas Diponegoro, nama program menjadi Magister Ekonomi. Perubahan nomenklatur ini juga mengubah gelar akademik dari Magister Sains (M.Si) menjadi Magister Ekonomi (M.E).
Dalam tata kelola institusi, Prodi Magister Ekonomi berada di bawah Departemen Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan, Fakultas Ekonomika dan Bisnis. Prodi Magister Ekonomi saat ini berstatus Terakreditasi A, berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 5056/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/IX/2020. Peringkat akreditasi tersebut berlaku hingga tanggal 30 Agustus 2025. Pada tahun 2020, Prodi Magister Ekonomi melakukan peninjaun Kurikulum untuk menyesuaikan dengan Kebijakan Kampus Merdeka dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Prodi Magister Ekonomi pada tahun 2020 membuka dua program yaitu: Magister Ekonomi by Course dan Magister Ekonomi by Research.